目的 检测宿主动物血清中鼠疫菌素(Pesticin,Pst)抗体,探究Pst作为鼠疫抗体检测诊断试剂的可能性。方法 采用重组Pst和鼠疫F1抗体间接ELISA法,对351份不同来源的鼠疫宿主动物血清样本进行检测。结果 在鼠疫感染的宿主动物体内可以检测到Pst抗体,Pst抗体水平随着F1抗体水平的升高而明显升高,鼠疫患者血清中20个月时ELISA检测A值为0.438,Pst抗体维持在可检出水平。结论 Pst抗体检测方法可以与传统鼠疫F1 抗体检测相结合,使鼠疫抗体检测方法更具可靠性。

目的 通过统计分析鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)CO92株中核糖体结合位点(RBS)与翻译起始位点的距离, 探索最适合翻译起始的RBS与起始位点的距离。 方法 通过对鼠疫菌所有拷贝的16S rRNA 3′端, 及已经通过实验确定的177处RBS进行分析, 确定鼠疫菌RBS的序列特征。统计鼠疫菌CO92株中存在的所有RBS序列的位置和数量, 及RBS序列与翻译起始序列ATG(GTG, TTG, CTG)的距离。观察已经公布的CO92株的编码序列(CDS)片段前20个碱基序列的特征。 结果 在CO92的全基因组序列中搜索, 共发现可能的RBS结构5081个, 2909个后面一段距离内存在开放读码框架, 其中1541与标注的CDS相符, 535与标注的CDS终止位点相同, 但起始位点不同。CO92序列中的3887 CDS前面20个碱基中, 57.7%含有RBS序列。 结论 RBS序列与起始位点间隔7个碱基和8个碱基出现的次数最多;RBS可能作为基因识别的重要指征。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms，SNPs)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，包括同义SNPs(synonymous SNPs，sSNPs)和非同义SNPs(non-synonymous SNPs，nSNPs)。随着测序技术的迅速发展，获得了大量细菌全基因组序列，使得通过测序技术及生物信息学方法寻找潜在的SNPs位点成为可能。并且，由于SNPs本身的特性，使其作为一种新的分子标记，在细菌分型与进化、流行病学调查研究中得到广泛应用。该文主要阐述基于全基因组寻找SNPs位点，并建立以SNPs数据为基础的鼠疫菌微进化研究分析的研究进展状况。

目的 研究我国土拉弗朗西斯菌(土拉菌)亚种类型及各菌株之间的遗传进化关系。方法 对于来源于我国北方地区的10株土拉菌，采用2种型特异引物C1C4和RD1进行PCR，根据扩增产物片段长度来判断所属亚种；同时，使用fopA、tul4和16S rRNA引物，进行3种特异基因的PCR，然后测序；这10株土拉菌及网上已公布基因组序列的3株B型土拉菌、1株subsp. novicida，应用MEGA 4软件，进行3种特异基因为基础的系统进化分析。结果 采用2种型特异引物C1C4和RD1，鉴定10株土拉菌均为B型亚种；根据MEGA 4构建的进化树，我国10株土拉菌可以分为2种基因型，410108、410109和410111为B1型，另外7株土拉菌为B2型；而国外的3株B型土拉菌归为B3型。结论 我国北方地区分离的土拉菌可能以B型为主，对于土拉菌B型亚种的起源，我国土拉菌可能早于欧美国家。3种基因为基础的系统进化分析可作为土拉菌基因分型的一种可靠方法。

目的 客观评价血凝试验、胶体金试验、ELISA和PCR 4种检测方法的灵敏性。方法 对于血清学方法中的F1抗体检测，评价检出的全菌免疫兔抗血清最低稀释度；F1抗原检测，评价检出的最低浓度。对于分子生物学方法，评价同时检出fra基因和pla基因的模板最低浓度。结果 对于F1抗体检测，间接血凝试验检出的最低稀释度是1∶64，胶体金试验是1∶1000，ELISA是1∶204 800。对于F1抗原检测，反向血凝试验检出的最低浓度是2 ng/ml，胶体金试验是50 ng/ml。fra、 pla基因同时检出，模板的最低浓度是0.21 ng/μl。结论 在以抗体IgG为主的血清中，ELISA法对于F1抗体检测的灵敏性较高。反向间接血凝试验对于F1抗原检测的灵敏性较高。为减少误诊率，采用PCR诊断鼠疫菌要求最低模板浓度是0.21 ng/μl。

【摘要】 基因预测一般指预测DNA序列中编码蛋白质的部分。其方法主要有两大类：一类是基于相似性的预测方法，即利用已知的mRNA或蛋白质序列为线索在DNA序列中搜寻所对应的片段，达到基因预测的目的；另一类是基于统计学模型的从头预测方法，即利用统计学模型训练出相应参数，再对基因进行预测，这种方法可不依赖已知的DNA序列进行预测。现就基因预测的方法、基因预测中存在的一些问题等做一概述。

【摘要】 目的 深入认识病死鼠报告在家鼠型鼠疫监控中的作用及其与关联监测法在监控中的相互配合。方法 （1） 分析比较病死鼠报告、疫情三报在及时发现家鼠型鼠疫鼠间疫情中的作用； （2）分析病死鼠报告与关联监测法的关系及后者的功用。 结果 （1）病死鼠报告与及时发现家鼠型鼠疫鼠间疫情有关，而疫情三报中除病死鼠报告外的其他两报与及时发现家鼠型鼠疫鼠间疫情无关； （2）病死鼠报告与关联监测法共同构成家鼠型鼠疫监控的两项核心技术（2HD技术）；在2HD技术中，病死鼠报告主要担负着及时发现家鼠型鼠疫鼠间疫情的任务，而关联监测法有减少和发现鼠间疫情的双重功用，但以前者为主。 结论 在家鼠型鼠疫监控中，为了及时发现并成功控制鼠间疫情，应重点推广2HD技术；同时要正确理解和对待疫情三报。

目的 深入认识家鼠型鼠疫的发病机制,科学制定或选择相应的监控措施。方法 以数学语言表达家鼠型鼠疫由鼠到人的传播途径,以彰显各发病决定因子之间的内在联系;对有关的家鼠型鼠疫监测方法进行分析比较。结果 (1)导出家鼠型鼠疫发病(率)模式函数(式);(2)关联监测法与平行监测法比较,更符合流行病学原理和统计学要求,因而更有效;实际工作量更小,因而更符合"成本效益比"要求。结论 (1)家鼠型鼠疫发病率模式函数彰显了各发病因子间的内在联系,对家鼠型鼠疫的预防控制具有普遍的指导意义和广阔的应用前景;(2)家鼠型鼠疫的监测应采用关联监测法,不应采用平行监测法。

内毒素是鼠疫耶尔森菌的毒力因子之一,在鼠疫菌的致病过程中起到了非常重要的作用。鼠疫菌内毒素与其他细菌内毒素之间的差异,导致了鼠疫菌的某些特性。目前对鼠疫菌内毒素的研究仍然存在许多问题,确定内毒素在蚤和哺乳动物中的精确结构对深入研究内毒素的生物学活性具有重要意义。

目的 了解新发现的玉龙鼠疫菌的遗传特征,分析其与中国各型鼠疫菌的亲缘关系。方法 根据鼠疫菌CO92株基因组DNA中的6个IS285位点设计引物,利用聚合酶链反应(PCR)对玉龙鼠疫菌及我国其他各型鼠疫菌进行分析,通过SPSS软件对结果进行聚类。结果 与CO92相比,我国鼠疫菌的某些IS285位点存在变异。5株玉龙鼠疫菌中有4株结果一致,另1株的一个位点发生变异。通过6个位点的PCR,可以将我国鼠疫菌聚为8类。所研究的5株玉龙鼠疫菌分别属于2种聚类,其中4株与滇西纵谷型、滇闽居民型及大部分灰旱獭菌株、全部喜马拉雅旱獭菌株聚为一类。结论 对玉龙鼠疫菌的遗传特征获得初步了解,提示玉龙菌株在我国鼠疫菌传播演化过程中可能具有较重要地位。

目的 研究一种快速、特异的检测鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的多重聚合酶链反应(PCR)方法。方法 选用针对鼠疫菌F1抗原基因、 pla基因、 inv基因和一段鼠疫特异染色体序列设计的4对引物,以鼠疫菌及其他肠道致病菌DNA为模板并加入内部对照模板,在同一扩增体系中进行PCR扩增。结果 鼠疫菌DNA模板可扩增出预期产物,而其他菌株只能扩增出内部对照模板的片段。结论 多重PCR方法具有较高的特异性。可迅速、有效地将鼠疫菌与其他肠道致病菌相鉴别,也可应用于鼠疫监测。

目的 建立多引物检测鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的PCR(M-PCR)方法。方法 合成4对引物,分别来源于质粒和染色体DNA上F1、 pla、 HmsI、 nv基因,对164株鼠疫菌进行扩增。结果 在164株鼠疫菌中,有152株菌4种基因扩增均阳性,仅云南省12株Hms基因扩增为阴性。结论 采用M-PCR方法检测鼠疫菌DNA具有较好的敏感性、特异性和稳定性,其可作为检测与鉴别鼠疫菌和疫情监测方面快速诊断的方法。

目的应用荧光定量聚合酶链反应(PCR)法检测土壤和动物脏器中鼠疫耶尔森菌,评价并优选环境样品目标核酸的纯化方法。方法应用TaqMan荧光定量PCR技术,以鼠疫耶尔森菌 pla、 caf1、 hms引物、探针为指标,比较不同种从土壤和脏器中纯化鼠疫耶尔森菌核酸的方法。结果应用NaI-Glassmilk方法及荧光定量PCR检测土壤中的鼠疫菌,检出底限为10 ⁴拷贝/g土壤(pla),从染疫动物脾脏、肝脏标本中也能敏感检出鼠疫菌。结论荧光定量PCR方法和NaI裂解Glassmilk制备模板联合应用可灵敏特异地从土壤和动物脏器中检测鼠疫耶尔森菌。

目的 调查我国巴尔通体宿主动物体表寄生蚤类是否携带巴尔通体。方法2003年6～7月在云南省大理州云龙县居民区采集家猫、狗、鼠类等体表寄生蚤,用3对巴尔通体属特异性引物BhCS.781pBhCS.1137n、Bh.311pBh.452n和Tile.455 _pTala.885n进行聚合酶链反应(PCR),扩增巴尔通体 gltA和16S～23SrRNAITS中部分核酸片段,检测采集的蚤类是否感染巴尔通体。结果共采集251只寄生蚤,包括猫栉首蚤、人蚤、缓慢细蚤等7个常见蚤种,从1组猫栉首蚤和1组缓慢细蚤中扩增出目标带,证实有巴尔通体感染。结论猫栉首蚤和缓慢细蚤能够感染巴尔通体,是该种病原体的潜在传播媒介,间接表明当地家猫和鼠类动物存在巴尔通体感染。

目的探讨中国鼠疫菌株生化表征的遗传变异与分型地位。方法采用平皿-单菌落法,实验观察我国17个生态型共336株鼠疫菌酵解麦芽糖、鼠李糖、阿胶糖、甘油及脱氮反应的变化。结果发现松辽平原、滇闽居民区和滇西纵谷区3个生态型部分菌株对甘油、阿胶糖、麦芽糖酵解有变异,可同时出现酵解和不酵解的单菌落,而且特性较稳定;其余14个生态型鼠疫菌单菌落酵解能力与过去资料报道一致无明显变化;根据实验结果可将中国鼠疫菌分为12个生化型。结论我国鼠疫菌对糖酵解特性稳定,具有一定的分型意义,滇闽居民区与滇西纵谷区生态型鼠疫菌株可能源于一个祖先。

目的:快速检测炭疽芽孢杆菌。方法:质粒提取及PCR扩增。结果:用两对引物扩增,阳性样本可分别扩出两条877bp和1089bp左右的条带,阴性样本未扩增出。结论:所采用的方法可快速检测出环境中的炭疽芽孢杆菌,并可对其致病性进行评价。

目的:显示不同鼠疫菌株之间的遗传学关系。方法:将鼠疫菌株间的相似程度数值化,进行聚类分析。结果:检验菌株可以聚为2个亚种4个型。结论:由一次流行而生的型彼此间相似程度较高,因各固有疫源地而生的型,其间的差异更为显著。

目的:研究鼠疫耶尔森氏菌的插入序列IS 1541的插入位点的特性。方法:用一条锚定的IS 1541内部锚定引物和一条随机引物进行PCR扩增;核酸分子杂交技术;克隆;测序。结果:14株鼠疫菌的扩增图谱基本相同,杂交图谱差异,可分成3种类型。克隆、测序其中一个片段,其序列仅在两端的引物区与IS 1541同源,而与 E.coliK-12 MG 1655的 prlc 基因同源性较高。结论:IS 1541在鼠疫菌中的分布有差异,可以作为该菌的基因标志,用于分型。

目的：对鼠疫耶尔森氏菌F1抗原在鼠伤寒沙门氏菌中的表达及其保护力进行研究。方法：PCR、化学转化及电穿孔法。结果： 采用PCR方法，特异地扩增了鼠疫菌F1抗原 caf操纵子的5Kb基因片段。将PCR产物与质粒载体连接后，经化学方法转化大肠杆菌LE392，获得 caf基因克隆子，所得克隆子能较好地表达F1抗原基因。应用电穿孔法将克隆子的重组质粒转入鼠伤寒沙门氏菌G30内获得转化子，其F1抗原表达水平与在大肠杆菌LE392中的表达水平相同，反向血凝滴度可达1∶80以上，与EV株相近。用该株免疫小鼠，20d后用141株攻击，可延长平均死亡时间。结论： caf基因的克隆子在鼠伤寒沙门氏菌G30中能够有效表达，且对小鼠显示出保护效果。该研究为构建新型鼠疫菌苗提供了线索。

目的：了解鼠疫耶尔森氏菌16S-23S rRNA基因间区的酶切位点分布情况。方法：PCR扩增及限制性内切酶分析。结果：对EV菌及不同来源的103株鼠疫耶尔森氏菌16S-23S rRNA基因间区进行了扩增，选用限制性内切酶TaqⅠ及MspⅠ对扩增产物进行酶切分析，结果发现所用鼠疫耶尔森氏菌该间区扩增产物及酶切图谱一致；选用TaqⅠ+MspⅠ，HinfⅠ+MspⅠ对EV菌16S-23S rRNA基因间区扩增产物进行了双酶切分析，作出了TaqⅠ，MspⅠ，Hinf Ⅰ在EV菌该间区的酶切位点图。结论：鼠疫耶尔森氏菌16S-23S rRNA基因间区相当保守；酶切位点分析为对该区进行进一步研究打下了基础。